Соли 1924 бо мақсади ҷамъоварӣ ва таҳқиқи маводҳои таърихӣ, мардумшиносӣ ва адабиёти халқи тоҷик Комиссияи илмии Тоҷикистон таъсис ёфт. Як сол пас (1925) «Ҷамъияти омӯзиши Тоҷикистон ва халқиятҳои эронии бурун зи марзи он» таъсис ёфт, ки аввалин ҷамъияти илмӣ оид ба омӯзиши таърих, этнография, фарҳанги халқи тоҷик ва табиату захираҳои иқтисодии Тоҷикистон ба шумор мерафт. Марҳилаи дигар дар омӯзиши таърихи тоинқилобии халқи тоҷик, тибқи қарори Шӯрои Комиссарони халқии ИҶШС аз 10 ноябри соли 1940, табдил додани Пойгоҳи тоҷикистонӣ ба Шуъбаи тоҷикистонии АИ ИҶШС буд. Соли 1941 дар заминаи Шуъбаи мазкур институтҳои илмӣ-таҳқиқотӣ кушода шуданд, аз ҷумла Институти таърих, забон ва адабиёт. Яке аз самтҳои афзалиятноки фаъолияти Институти таърихи Шуъбаи тоҷикистонии АИ ИҶШС навиштани китоби «Таърихи тоҷикон ва Тоҷикистон» маҳсуб меёфт, ки ҳанӯз соли 1939 тибқи қарори КМ ҲК(б) Тоҷикистон ба зиммаи Пойгоҳи тоҷикистонӣ гузошта шуда буд. Яке аз аввалин китоби ҷомеъ доир ба таърихи халқи тоҷик асари Б.Ғ. Ғафуров «Таърихи мухтасари халқи тоҷик» мебошад, ки соли 1947 аз чоп баромад. Ин асар баъдан бо такмилу иловаҳо се маротиба солҳои 1949, 1952, 1955 ба забони русӣ дар дар Москва нашр гардид.

  Институти таърих, бостоншиносӣ ва мардумшиносии ба номи А. Дониш баъди бунёди Академияи илмҳои ҷумҳурӣ 16 апрели соли 1951 таъсис ёфта, куҳантарин муассисаи илмии АИ ҷумҳурӣ маҳсуб меёбад.  Аз соли 1951 то соли 1958 роҳбарии Институтро шарқшиноси шинохта, академики Академияи илмҳои ҶШС Тоҷикистон А.А. Семенов ба ӯҳда дошт, ки дар омӯзиши таърихи халқҳои Осиёи Миёна, ба вижа мардумшиносӣ ва таърихи тоҷикон саҳми калон гузоштааст.

  Институтро инчунин дар солҳои 1959-1962 академик З.Ш. Раҷабов, солҳои 1962-1988 академик Б.И. Искандаров, солҳои 1988-2015 академик Р. Масов, солҳои 2015-2019 З.И. Акрамӣ сарварӣ намуданд. Аз соли 2019 то имрӯз институтро доктори илмҳои таърих, профессор Убайдулло Насрулло Каримзода роҳбарӣ менамояд.

  Дар Институт шаш Шуъба фаъолият мекунанд: Шуъбаи таърихи қадим, асрҳои миёна ва нав, Шуъбаи таърихи навтарин, Шуъбаи бостоншиносӣ, Шуъбаи этнология ва антропология, Шуъбаи таърихи санъат, Шуъбаи таърихи илм ва техника. Дар сохтори Институт инчунин 2 осорхона: Осорхонаи миллии бостонии Тоҷикистон ва Осорхонаи мардумшиносӣ; пойгоҳҳои бостоншиносии Истаравшан, Қубодиён, Тегузак, инчунин Мамнӯъгоҳи таърихӣ-бостоншиносии Саразм-Панҷакентро дар бар мегирад.

  Алҳол таҳқиқотҳои илмӣ дар Институт аз рӯи шаш мавзӯъ, ки моҳияти бунёдӣ доранд, аз рӯи чунин самтҳои таҳқиқот: таърихи халқи тоҷик аз замонҳои қадимтарин; этногенез ва таърихи этникии халқи тоҷик; ҳамкорӣ ва муносибатҳои фарҳангҳои муқимӣ ва кӯчманчӣ дар минтақаи Осиёи Марказӣ; таърихи истиқлолияти давлатии Тоҷикистон; таърихи илм ва техника аз замонҳои қадим то имрӯз; таҳқиқоти бостоншиносӣ; омӯзиши маҷмӯи ёдгориҳои таърихӣ ва фарҳангӣ, таҳқиқоти этнографӣ ва антропологӣ ба роҳ монда шудааст.

  Дар солҳои истиқлолият аз тарафи кормандони Институт даҳҳо монографияю китоб ва садҳо мақолаҳо аз рӯи масъалаҳои мухталифи таърих, бостоншиносӣ, мардумшиносӣ, таърихи фарҳанг ва ҳунар, таърихи илм ва санъат ба нашр расиданд. Натиҷаи умумии фаъолияти муаррихони Институт дар ин давра таҳияи монографияи бунёдии дастаҷамъии «История таджикского народа» дар шаш ҷилд маҳсуб меёбад, ки аз рӯи таҳқиқотҳои таърих, бостоншиносӣ ва мардумшиносӣ ба анҷом расонида шуд. Алҳол маълумотҳои зиёди нави таърихӣ, бойгонӣ ва бостоншиносӣ пайдо шудаанд, ки ниёз ба омӯзиш ва ворид кардан ба гардиши илмӣ доранд ва Институт дар ин самт низ нақшаҳои таҳқиқотҳои илмии худро ба тасвиб расонидааст.

  Дар самти табъу нашр ва нашрияҳои илмӣ дар Институт аз соли 1954 ин ҷониб сислсилаи “Корҳои бостошиносӣ дар Тоҷикистон” (“Археологические работы в Таджикистане”) нашр мегардад. Аз соли 1991 дар Институт маҷаллаи илмию  оммавии «Мероси ниёгон» ва аз соли 2015 маҷаллаи илми «Муаррих» нашр мешавад. Аз соли 1994 инҷониб 23 шумораи "Маводҳои экспедитсияи бостоншиносии Панҷакент" нашр шудааст. Аз соли 1997 инҷониб 5 харитаи бостоншиносии Тоҷикистон бароварда шудааст. Ба муносибати 5500-солагии Саразм 3 шумораи маҷаллаи илмии "Саразм" аз чоп баромад Дар панҷ соли охир зиёда аз 100 монография, беш аз 500 мақолаҳои илмӣ дар маҷаллаҳои ҷумҳуриявӣ ва 64 мақола дар маҷаллаҳои хориҷӣ нашр шудаанд.

  Экспедитсияҳои бостоншиносӣ. 1.Экспедитсияи бостоншиносии суғдӣ-тоҷикӣ - ЭБСТ (1946-1951); 2. Экспедитсияи бостоншиносии тоҷик - ЭБТ (1951 -1971); 3.Экспедитсияи бостоншиносии Панҷакент - ЭБП (1971 - 1991); 4. Экспедитсияи бостоншиносии Тоҷикистони Ҷанубӣ - ЭБТҶ (1973-1990); 5. Экспедитсияи комплексии бостоншиносии Тоҷикистони Шимолӣ  - ЭКБТШ (1973 -2011); 6. Экспедитсияи байналмилалии бостоншиносии Панҷакент - ЭБПП (1992 то имрӯз); 7. Экспедитсияи Байналмилалии Археологии  Тоҷикистони Ҷанубӣ - ЭБАТҶ (1990 - то имрӯз).

  Иқтидори кадрӣ. Дар ташаккул ва рушди академии илми таърих дар Тоҷикистон академикҳои АИ ҶТ А.А. Семенов,   З.Ш. Раҷабов, Б.И. Искандаров, Р. М. Масов, Б.А. Литвинский, Н. Негматов, А. Мухторов,  Ю. Якубов, аъзо-корреспондентҳои АИ ҶТ В.А. Ранов ва Х. Пирумшоев саҳми назаррас гузошта шудааст. Дар айни замон дар Институт 71 корманд, аз ҷумла 22 доктори илм (1 академики АМИТ, 1 узви вобастаи АМИТ) ва 17 номзади илм кор мекунанд. Дар Институт Шӯрои диссертатсионӣ оид ба дифои рисолаҳои илмӣ аз рӯи ихтисосҳои зерин амал мекунад: 07.00.02 - Таърихи ватанӣ (таърихи халқи тоҷик), 07.00.09 - Таърихнигорӣ, маъхазшиносӣ ва методҳои таҳқиқоти таърихӣ, 07.00.06 - Бостоншиносӣ, 07.00.07 - Этнография, этнология ва антропология. Дар Институт барои таҳсил аз рӯи ихтисосҳои магистр ва доктори фалсафа (PhD) заминаи таълимӣ мавҷуд аст.

   Осорхонаи миллии бостонии Тоҷикистон. 4 апрели соли 1996 дар назди Институт Осорхонаи миллии бостонии Тоҷикистон ташкил шуда, аз соли 2001 барои тамошобинон дарҳои худро боз намудааст. Дар бойгонии осорхона зиёда аз 100 ҳазор бозёфтҳои бостоншиносӣ мавҷуд аст, ки аз асри санг то охири асрҳои миёнаро дар бар мегирад. Муҷассама ва деворнигораҳои шаҳраки Панҷакенти Қадим, Бунҷикат шоҳкориҳои тамаддуни ҷаҳонӣ мебошанд. Дар осорхона бозёфти дайри буддоии «Буддо дар ҳолати нирвана» аз Аҷинатеппа маҳфуз мебошад, ки ба асрҳои VII-VIII мелодӣ мансуб аст. Пешрафт ва тараққиёти маданияти шаҳрӣ ва ҳунармандиро дар асрҳои IX-XII бозёфтҳои Хулбук, Сайёд, Лагман, ва Хуҷанд муаррифӣ менамоянд. Дар фонди тиллоии осорхонаро нодиртарин осори заргарӣ, ҳунармандӣ ва сиккаҳои мутааллиқи асрҳои III пеш аз мелод ва XIX мелодӣ маҳфуз ҳастанд. Ҳоло дар толорҳои Осорхона ашёҳои нодир аз объектҳои дар ҷаҳон машҳури Саразм, Тахти Сангин, Шаҳристон, Куркат, Кофирқалъа ва ғ. кашф шуда, ба маърази тамошо гузошта шудаанд.

   Осорхонаи мардумшиносӣ. Осорхонаи мардумшиносии ба номи М.С. Андрееви Институт бо Қарори Ҳукумати Тоҷикистон сентябри соли 1981 дар заминаи Шуъбаи мардумшиносии Институт таъсис дода шуда буд. Ҷамъоварии коллексия фонд аз соли 1948 оѓоз гардида, то имрӯз  дар доираи тадқиқотҳои мардумшиносӣ ба ноҳияҳо идома дорад. Имрӯз коллесияи фонди осорхона зиёда аз 11ҳазор нигораҳоро дар бар гирифтааст. Осорхона намунаҳои фарҳанги моддӣ, маҳсулоти анъанавии ҳунармандони тоҷик ва дигар халқҳое, ки дар ҳудуди Тоҷикистон зиндагӣ доранд, намоиш медиҳад. 

  Бойгонии Институт ва китобхонаи ба номи А.А. Семёнов. Дар бойгонии шуъбаҳои Институт дастнависҳо, маводҳо оид ба таърихи қадим, асрҳои миёна, нав ва навтарин, бостоншиносӣ, мардумшиносӣ, таърихи санъат, таърихи илм ва техника мавҷуданд. Китобхонаи илмии Институт дорои 8611 нусха китоб, брошюра ва маҷаллаҳо, аз ҷумла, 396 китоб, 112 дастхат, 284 литография, 417 китоб ба забонҳои англисӣ, олмонӣ ва фаронсавӣ мебошад. Дар Институт китобхонаи илмии ёдгории А.А. Семенов фаъолият мекунад. Соли 2003 аз ҷониби Бойгонии Академияи илмҳои Тоҷикистон ба он фондҳои шахсии А.А. Семенов ва М.С. Андреев интиқол дода шуданд. Фонди китобхона аз ҳисоби нашрияҳои нав ба нави олимони Институт мунтазам пурра мешавад.

  Ҳамкории байналмилалии илмӣ. Солҳои зиёд Институт бо Эрмитажи давлатии Санкт–Петербург, Институти шарқшиносии Академияи илмҳои Русия, Институти таърихи умумии АИР, Институти этнология ва антропологияи ба номи Н.Н. Миклухо-Маклай, Институти фарҳанги моддии АИР, Институти бостоншиносӣ ва этнографияи филиали Сибирии АИР, Институти таърихи ба номи Валиханови Академияи илмҳои Қазоқистон, Институти таърихи Академияи илмҳои Ҷумҳурии Арманистон ҳамкории пайваста дорад. Инчунин Институт бо созмони байналмилалии ЮНЕСКО, Донишгоҳи Сияни ҶХЧ, Институти бостоншиносии Олмон, Миссияи бостоншиносии Фаронса, Донишгоҳи санъати Токио ҳамкории доимӣ дорад. Бостоншиносони Институт якҷоя бо бостоншиносон аз Олмон, Франсия, Италия, Ҷопон ва Чин ҳафриётҳои муштараки бостоншиносӣ мегузаронанд. Рушди ҳамкории байналхалқӣ ба густариши корҳои бостоншиносӣ, расонидани кӯмак барои тармими бозёфтҳои кашфшуда ва интишори натоиҷи таҳқиқотҳо мусоидат мекунад.